一、根部不同

萱草是百合科、萱草属的植物，还被叫做川草花、忘郁、丹棘、金针菜、鹿葱等，属于中国的母亲花。它是属于宿根花卉，植株的底部具有较短的根状茎和粗壮的肉质根，形状是纺锤状的。

百合花是百合科、百合属的植物，含有的品种比较的多，又叫做强蜀、强瞿、番韭、山丹、夜合花等。它属于球根植物，鳞茎是球型，外面是淡白色的，是由较多的卵匙形的鳞片组合成的。

二、花朵不同

萱草在5月份左右就会开花，它的花朵比较的小，花柄比较的长，并且开花的时候，几朵花会同时挨在一起，中间的距离比较的小，挨得比较的紧，花朵的颜色是橙黄色的，跟后者的区别是比较大的。

百合花在6月份左右会现蕾，花朵比较的大，形状为漏斗形，在它开花时每朵花的间距也很大，并不是挨在一起的。虽然品种较多，但花色一般是白色的。